Dans une population donnée, protégée par la vaccination, il est primordial d’entretenir la couverture immunitaire par les rappels vaccinaux en respectant le protocole de vaccination. Pour les animaux de loisir, des protocoles adaptés à l’utilisation ou au mode de vie des animaux peuvent parfois exister (pré, promenade, rassemblement, compétition...).
La déviance par rapport au protocole vaccinal (retard pour la réalisation du rappel) est assez peu documentée en terme biologique. La réalité de la protection de l’animal est donc difficile à établir et correspond à une décision individuelle du vétérinaire traitant. Il faut noter que dans un certain nombre de situations, des règlements (par exemple, règlement des courses de chevaux) imposent le respect d’un protocole vaccination au jour près, sans retard possible.
Enfin, nous connaissons notamment pour les animaux de rente des succès collectifs de vaccination, contre la maladie, qui conduisent à suspendre les protocoles vaccinaux tout en restant très vigilants. L'exemple de la fièvre aphteuse des bovins en France en est un : après une trentaine d’années de vaccination annuelle de tous les bovins de plus de 4 mois (1962-1990), la maladie est considérée comme éradiquée ou bien contrôlée. Depuis l’arrêt de la vaccination, les cas sont restés sporadiques et ne se sont pas étendus.